Д.И. Ивановский родился 9 ноября (28 октября по старому стилю) 1864 г. в многодетной семье чиновника, проживавшей в селе Низы Гдовского уезда Петербургской губернии.
После смерти отца семье была назначена небольшая пенсия в Санкт-Петербурге. Несмотря на стесненные денежные обстоятельства, Дмитрий сумел поступить за казенный счет в гимназию, которую он окончил с отличием. Успешно сдав необходимые экзамены, был зачислен в Петербургский университет на физико-математический факультет, окончил его в 1888 году и был оставлен при кафедре ботаники.
Еще студентом Д.И. Ивановский во время командировки на табачные плантации в Бессарабии и в Никитском ботаническом саду начинает исследования болезней табака.
В сентябре 1887 году он публикует первый отчет, где показывает, что заболевание табака вызвано одновременно несколькими причинами. Впервые в научной литературе он разделил рябуху (грибковое заболевание табака) от собственно мозаичной болезни листьев.
В 1892 году он обобщил известные данные и результаты своих экспериментов в докладе «О двух болезнях табака», который был зачитан в Академии наук 14 февраля по старому стилю. В сентябре 1892 года доклад в виде статьи был опубликован в бюллетене Академии. В 1894 году реферат статьи «О двух болезнях табака» был опубликован в Голландии на немецком языке.
Научная работа по мозаичной болезни табака не мешает молодому ученому совершенствовать свои знания и в других областях науки. Под руководством А.Е. Бекетова, А.С. Фаминцына и Х.Я. Гоби он изучает физиологию растений и микробиологию. В 1895 году защищает диссертацию магистра и в качестве приват-доцента начинает чтение лекций по физиологии низших организмов, а с 1896 года – по анатомии и физиологии растений в Петербургском университете.
С 1901 года – экстраординарный, а с 1903 года Дмитрий Ивановский – ординарный профессор Варшавского университета.
Д.И. Ивановский занимался изучением процесса спиртового брожения и влияния на него кислорода, хлорофилла и других пигментов зеленых листьев, участвующих в процессе фотосинтеза. Известны также его работы по общей сельскохозяйственной микробиологии.
Д.И. Ивановский является автором фундаментального двухтомного учебника «Физиология растений», более 180 научных публикаций в области анатомии и физиологии растений, почвенной микробиологии. Его перу принадлежат 30 статей в самой крупной русской энциклопедии – «Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона».
В годы Первой мировой войны Варшавский университет был эвакуирован в Ростов-на-Дону.
Д.И. Ивановский скончался 20 апреля 1920 года в Ростове-на-Дону. Он похоронен на территории Братского кладбища.