Иван Михайлович родился 9 сентября 1871 года в селе Поздняково Муромского уезда Владимирской губернии.
Учился в уездном училище города Мурома, затем окончил учительскую семинарию в городе Киржач Владимирской губернии. В 1890-1895 годах работал учителем в сельских школах.
В 1895-1898 годах – слушатель Учительского института в Санкт‐Петербурге. С 1898 года работал учителем городских училищ в Санкт-Петербурге.
В 1903 году Губкин поступил на геологический факультет Горного института, который он окончил с отличием в 1910 году. По окончании института работал в Геологическом комитете.
Еще студентом Губкин работал в Майкопском нефтеносном районе под руководством видного геолога Карла Богдановича. Эта работа во многом определила его будущую судьбу – он стал геологом-нефтяником. Во время работы на Майкопском, Анапско-Темрюкском и Таманском нефтеносных районах Губкин впервые предложил новый метод построения карт подземного рельефа нефтеносных пластов. Такой метод составления геолого-структурных карт получил затем широкое распространение в СССР и других странах.
С 1913 года Губкин занимался разведкой на Апшеронском полуострове. Им был открыт шнурковый или руковообразный тип залежей. Изучая грязевые вулканы Апшерона, Губкин пришел к выводу о связи грязевых вулканов с нефтеносностью.
По результатам этих исследований Губкин в 1915 году получил ранг надворного советника и звание геолога Геологического комитета, что представляло собой высшую геологическую квалификацию и соответствовало профессорскому званию.
В 1917 году Губкин был командирован в США с целью изучения постановки нефтяного дела в этой стране. Его отчет о поездке в Америку впервые наметил те основные линии, по которым потом стала осуществляться рационализация нефтяной промышленности.
Начиная с 1918 года, Иван Губкин занимал руководящие должности в нефтяной промышленности: член коллегии Главного нефтяного комитета (1918-1929), член Госплана СССР (1921-1929); председатель Совета нефтяной промышленности (1922-1929); директор Московского отделения Геологического комитета (1923-1929).
В течение пяти лет (1919-1924) занимался организацией сланцевой промышленности. На посту директора правления сланцевой промышленности занимался восстановлением уже существующих рудников, разведкой и освоением новых месторождений горючих сланцев, разработкой и внедрением технологий для использования сланцев в качестве сырья для химической и топливной промышленности.
Из книги «Губкин», автор Я. Кумок, 1968 год:
«Горючий сланец приобрел в ту пору значение небывалое; никогда прежде и никогда после с ним не связывалось столько надежд; в страшные месяцы зимы 1918/19 года многие усматривали в нем спасение новорожденного государства…
Нельзя не восхищаться проницательностью Ильича /В.И. Ленина/, энергично поддержавшего ученых, занявшихся изучением сланца. Был создан Главсланец во главе с Губкиным…
К 1921 году в его /Главсланца/ списках насчитывалось больше двух тысяч рабочих – они рубили сланец на Ундорских, Сызранских и Веймарнских копиях (близ Петрограда)».
В 1920 году Иван Губкин возглавил «Особую комиссию по изучению Курской магнитной аномалии», загадка которой к тому времени еще не была решена. В результате работ была доказана связь между магнитной аномалией в российском Черноземье с залегающими здесь железными рудами.
С 1921 года он входил в состав специальной правительственной комиссии по делам азербайджанской нефтяной промышленности.
Став руководителем московского отделения Геолкома, Губкин организовал в нем комиссию по поискам уральской нефти. По его же настоянию в 1927 году были возобновлены поисковые работы в Небит-Даге, которые уже через несколько лет привели к обнаружению там больших запасов нефти.
В 1930 году Губкин был назначен начальником Главного геологического управления.
Выдающиеся организаторские способности, научный авторитет Губкина сыграли большую роль в создании высшего нефтегазового образования.
В 1920 году он был избран профессором Московской горной академии. Впервые в СССР Губкин начал читать общий курс геологии нефти и специальный курс геологии нефтяных месторождений.
В 1922 году он был избран ректором Московской горной академии. В 1924 году по инициативе Губкина при МГА был создан Государственный исследовательский нефтяной институт.
В 1930 году возглавил созданный Московский нефтяной институт, которому было присвоено его имя (ныне Российский государственный университет нефти и газа (национальный исследовательский университет) имени И.М. Губкина).
В 1928 году был избран действительным членом Академии наук СССР.
В 1936 году Губкин стал вице-президентом Академии наук СССР, в 1937 году – председателем Азербайджанского филиала АН СССР.
Иван Губкин неоднократно представлял СССР на международных форумах ученых.
Губкин проводил идею комплексного развития поисково-разведочных работ, применения геофизических, геохимических и других новых метолов разведки.
Классические труды, которые им были изданы как учебные пособия для студентов Московской горной академии, способствовали формированию новой отрасли геологических наук – науки о геологии нефти. В 1932 году по материалам лекций Губкина был издан учебник.
Теоретические исследования, проведенные под его руководством, явились основой учения о происхождении нефти и условиях формирования нефтяных месторождений, позволили научно обосновать направление поисковых работ и привели к открытию крупнейших нефтяных районов в стране. Благодаря его научным прогнозам были открыты богатые нефтяные и газовые запасы Азербайджана, Средней Азии, Северного Кавказа, Урало-Поволжья, Коми, Западной Сибири.
Иван Губкин был членом ЦИК СССР (1935-1937), депутатом Верховного Совета СССР (1937-1939).
Он был редактором научно-технических журналов.
Иван Губкин был награжден Ленинской премией (1931), Орденом Ленина (1937), Орденом Трудового Красного Знамени (1939). В 1937 году ему было присвоено звание Заслуженного деятеля науки и техники РСФСР.
Иван Губкин скончался 21 апреля 1939 года. Похоронен ученый на Новодевичьем кладбище в Москве.
(по материалам открытых интернет-источников: https://ivan.gubkin.ru/)